守护神殿是元气骑士中极具挑战性的玩法，通关需要满足角色等级要求、完成前置任务并解锁特定武器。角色等级需达到一定程度，前置任务包括特定战斗和剧情任务，部分版本还需解锁特定武器才能开启该模式。进入守护神殿前需充分准备武器和装备，合理分配资源是成功的关键。
守护神殿的核心策略在于角色与武器的选择搭配。牧师因其一技能能为炮台回血，成为炮台流玩法的首选角色，可节省大量维修费用。武器方面推荐天堂之拳，能有效应对前期怪物压力，电弧手里剑也是不错的过渡选择。武器等级需随波次提升，40级后天堂之拳每2-3波升级一次，后期需每波升级。角色等级建议20级以上，后期重点投入武器升级。
地图探索与资源管理直接影响通关效率。守护神殿分为森林、冰川、遗迹、城堡、溶洞五个区域，初期应优先探索森林和冰川区域解救NPC。机械大师可提供防御塔支持，导师能强化技能等级，武器商人则负责武器升级。金币应优先用于武器和角色升级，紫币则投入防御塔建设。仓库系统允许武器重制，用同色武器可提升等级（白→绿→蓝→橙→红），这是获取高阶武器的有效途径。
战斗阶段需注意防御塔布局与实战技巧。核心防御塔包括充能装置、维修装置、护盾塔、天气控制器等，应避免放置在右下角等低效区域。每15波会出现BOSS战，需先摧毁BOSS的四个武器配件才能攻击本体。母舰作为最终BOSS有两个阶段，第一阶段优先摧毁中间弹幕配件，第二阶段注意躲避激光和导弹。特殊事件如护送水晶、击退虫群等完成后可获得额外奖励。
武器建议强化至18级满级，技能等级提升至15级。采用喇叭流等特殊战术时，可将炮台架设在上下两边的墙内并配备增幅器。注意观察敌人攻击规律，陨石和贴脸近身怪具有较高威胁。合理利用地形优势，在怪物出现前2秒预判攻击方位可有效控制战线。最终通关需击败12-3波的扫地机器人母舰，其配件和本体血量在新版本已大幅下调。
